İkinci Dünya Savaşı sırasında, Fransa’da şehir dışında rahipler tarafından yürütülen bir yatılı okulunda iki küçük çocuk arkadaş olur. Bunlardan biri Fransız Julien Quintin, diğeri ise Almanlardan okul görevlileri tarafından saklanan Yahudi Jean Bonnet’tir. Başlarda birbirine düşman olan bu iki çocuğun zamanla aralarında duygusal bir bağ doğar ve bir sırrı paylaşırlar. Hoşçakalın Çocuklar, bu iki çocuğun ilişkisine tanıklık eden Louis Malle’in perspektifinden yaklaşır.