Mississippi Yanıyor, tüm isimlerin değiştirilmesine karşın alında 1964'te Ku Klux Klan'ın 3 tane sivil haklar savunucusunu öldürmesiyle ilgili. Bu 3 insanın kaybolmasıyla araştırma başlatan FBI, iki ajanı görevlendiriyor: Anderson (Gene Hackman) ve Ward (Willem Dafoe). Anderson, yaşlı ve tecrübeli, Ward da genç ve idealisttir. Olayı çözme yöntemlerinin ve yaklaşımlarının farklı olması, FBI'ın o zamanda içinde nasıl ikileme düştüğünü gösteriyor.