1997 yılına kadar Kon; manga, hikaye ve senaryo yazımı ile ilgilendi. 1997’de ilk uzun metraj filmi Perfect Blue’yu tamamladı; film 28 Şubat 1998’de Japon sinemalarında gösterime girdi. İlk filminden son anime filmine kadar Madhouse ile çalışan Kon; Hashire Melos anime filminin layout ve key animasyonu ile ilgilendi. Master Keaton anime dizisinin storyboardunu oluşturdu, senaryosunu yazdı ve key animasyon ile bölüm yönetmenliğini üstlendi. Mobile Police Patlabor 2: The Movie’nin storyboard ve layoutunu hazırladı. Ödüllü mecha ve sci-fi anime filmi Roujin Z’nin layoutunu hazırladı, içerik akışını planladı ve key animasyonlarını üretti. Kon'un favori animesi de Astro Boy'du.
Kon, vefat etmeden önce yeni projesi Dreaming Machine üzerinde çalışıyordu. Yapım ajansı Madhouse sonrasında bu projeye devam etmek istese de Kon’suz olamayacağını dile getirip projeden vazgeçmiştir.
Kısa ömrüne çok kaliteli işler sığdıran Kon; Japonya Animasyon Yaratıcıları Derneği (JAniCA) kurucusu ve 15 kişiden oluşan komitenin önemli bir parçasıydı.