1984'te film yapımı ve tiyatroyla ilgilenmeye başladı. 1988'den 1990'a kadar aralarında Garra de tigrenin de yer aldığı, Meksika yapımı 6 filmin müziklerini besteledi. 90'lı yıllarda, Meksikanın en büyük TV kanalı Televisa için çalışırken, ülkenin en geç prodüktörlerinden biri oldu. Televisadan ayrıldıktan sonra kendi film şirketi olan Zeta Filmsi kurdu. Televizyon için reklam filmleri yazmaya ve yönetmeye başladı ki çektiği reklam filmlerinden bazılarını 2000 yılında yöneteceği Amores Perrosta da kullandı. Ona göre bu reklamlar, gelecekte çekeceği filmlerin provasıydı. Aynı dönemde Maine ve Los Angelesta, Polonyalı yönetmen Ludwik Margulesten film yapımı ile ilgili olarak eğitim almaya devam etti.

1995'te, Televisa için orta uzunluktaki ilk TV filmi "Detrás del Dinero"yu çekti. Filmin başrolünde İspanyol aktör Miguel Bosé oynuyordu. Detrás del dineroyu 1996 yapımı El Timbre takip etti.

Senaryo yazarı Guillermo Arriaga ile tanıştıktan sonra, onunla beraber Mexico Citynin çelişkili yönlerini anlatan 11 kısa film çekmeye karar verdi. 1999 yılında WFM kampanyası için FIAP'tan Grand Prix ödülünü aldı. Iñárritu ve Guillermo Arriaga, 3 yıl ve 36 senaryo taslağından sonra, 3 hikayeyi ayrıntılı olarak işlemeye karar verdiler. Bu uzun ve titiz hazırlık süreci 2000 yılında çektiği Amores Perros içindi. Iñárritu, ülkesi Meksikanın sınırlarını aşan ilk büyük başarısını bu filmle yakaladı. İlk gösterimi Cannesda yapıldığında ayakta alkışlanan Amores Peros, en iyi yabancı film dalında oskara aday olarak gösterilmesinin dışında, çeşitli festivallerden 51 ödül ve 14 dalda adaylıkla geri döndü.

2002'de, 11 Eylül'le ilgili olarak çekilen ve her yönetmenin kendi ülkesindeki farklı bakışı anlatacağı, 11’09’’01 - September 11 filmi için seçilen yönetmenlerden biriydi. Aynı yapımda Amerikayı Sean Pennin çektiği bölüm temsil ediyordu. Iñárritu, bu film sayesinde tüm dünyadan önemli film yapımcılarıyla ve yönetmenlerle (Wim Wenders, Ken Loach, Mira Nair, Amos Gitai, Sean Penn) tanışma fırsatı buldu.

İkinci uzun metrajlı filmi için yine senaryo yazarı Guillermo Arriaga ile çalışmaya başlayan yönetmen, 2003'te filmi tamamladı. 21 Gramsı (21 Gram), diğer filmlerinden farklı olarak İngilizce çeken Iñárritu ayrıca bu filmle ilk kez Hollywood'un büyük oyuncularıyla çalışmaya başladı. 2002'te tanıştığı Sean Penn dışında, Benicio Del Toro ve Naomi Wattsın da başrollerini paylaştıkları film, Iñárrituya 2 dalda oskar adaylığı, çeşitli festivallerden 20 ödül ve 25 adaylık getirdi.

2005'te, Rodrigo Garcíanın yönetmenliğini yaptığı Nine Livesın, hemen ardından 2006'da Carlos Armella ve Pedro González-Rubionun birlikte çektikleri Toro Negro belgeselinin yapımcılığını üstlendi. Alejandro González Iñárritu, senaryo yazarı Guillermo Arriaga ile Amores Perros ve 21 Gramsın başarısıyla ayrılmaz bir ikili oldu. İkili çekimleri üç farklı kıtada ve dört dilde gerçekleştirilen; yine 3 farklı hikayeyi buluşturan, derinlemesine kişisel ve politik boyutlar arasında sürekli geçişler yapan yeni filmleri, Babel için çalışmaya başladı.

Iñárritu, Babelde, insanoğlunu birbirinden ayıran bariyerlerin/engellerin doğasını, paramparça edici bir gerçekçilikle keşfe çıktı. İncil'deki Babil Kulesi kavramından yola çıkarak günümüzdeki yansımalarını sorguladığı filmde, Brad Pitt, Cate Blanchett ve Gael Garcia Barnel ile birlikte çalıştı. Film Cannes film festivalinde Iñárrituya, en iyi yönetmen ödülünü kazandırdı ve Altın Kürede 7 dalda ödüle aday olarak gösterildi.

Babel filmi, Canes Film Festivali’nde iki dalda ödül aldı. Iñárritu, Los Angeles, A.B.D.’de, karısı María Eladia Hagerman de González ve çocukları María Eladia ve Eliseo ile beraber yaşamaktadır.