1946'da Arjantin'in başkenti Buenos Aires'te Ukrayna kökenli bir baba ve Polonya göçmeni Musevi bir anneden dünyaya gelmiştir.
Güney Amerika ülkelerinde filizlenen Cinema Novo (yeni sinema) akımının önemli bir temsilcisi olan Babenco, aralarında bazı Avrupa ve Afrika ülkeleri ile ABD'nin de olduğu birçok farklı ülkede sinema alanında çalışmış, sonunda Brezilya'ya yerleşerek bu ülkenin vatandaşı olmuştu. Filmlerinin odağına daha çok modern toplumun fakir ve ezilmiş insanlarını yerleştiren Babenco, bu kesimin sosyal sorunlarını varoluşçu bir tarzda ekrana aktarmıştır. Bu filmlerden önemlice bir kısmının konuları hapishanelerde geçiyordu. Bütün bunların sonucunda da kaçınılmaz bir şekilde ve sıklıkla yaşadığı ve film yaptığı ülkelerdeki askeri rejimler tarafından sansüre uğramıştır. Filmlerinde, aralarında William Hurt, Jack Nicholson, Meryl Streep, Willem Dafoe gibi Hollywood'un önde gelen isimleriyle de çalışma fırsatı bulmuştur.
1985'te yönettiği Kiss of the Spider Woman filmiyle Oscar adaylığı kazanmış, bu dalda adaylık kazanan ilk Latin Amerikalı yönetmen olmuştur. 2003'te çektiği Carandiru filminde Sao Paulo'nun ünlü hapishanesini tüm çarpıcılığıyla ekrana yansıtmıştır. Son filmi My Hindu Friend, 2016'da vizyona girmişti.
13 Temmuz 2016'da Sao Paulo'da kalp krizi sonucu hayatını kaybetmiştir. Barbara Babenco ile evli olan Hector Babenco'nun Janka adlı bir kızı bulunuyordu.