Fougeres'de doğdu. 1932'de sona eren askerlik hizmetinden önce birkaç önemsiz işte çalıştı ve ardından set tasarımcısı olarak iş aradı. Franju, filmlerin toplanması ve korunması için kurumlar kurulmasında önemli bir rol oynadı. Henri Langlois ile birlikte 1937'de ilk özel film arşivi olan Cinematheque Francaise'i kurdu ve 1949'a kadar burada çalıştı. 1938'de Federation Internationale des Archives du Film'in (FIAF) kurucuları arasında yer aldı.

Yönetmenlik kariyeri 1949'da, Paris'teki başlıca mezbahayı konu alan ve işçilerin günlük işlerinin bir parçası olarak hayvanlara yapılan rahatsız edici zulüm sahnelerini incelikli bir deadpan üslubuyla gösteren Le Sang des Betes (Canavarların Kanı) adlı belgeselle fiilen başladı. İronik üslubu biraz Sürrealist harekete, biraz da Alman Dışavurumculuğuna borçludur ama son derece kişiseldir. 1950'de Saar'daki büyük bir çelik fabrikası (Völklingen'deki korunmuş fabrikalar ölçeğinde) hakkında 32 dakikalık büyüleyici bir film olan En Passant par la Lorraine'i (Lorraine'den Geçerken) yaptı. Guy Monnet'nin Avrupa Kömür ve Çelik Topluluğu'nun bir parçası olarak Fransız sanayisinin modernleştirilmesi planının bir kutlaması olarak tasarlanmıştı, ancak Franju çelik fabrikalarını pastoral manzaraya çirkin bir müdahale olarak gösterdi ve senaryo, Le Sang des Betes'de olduğu gibi duygusuz bir şekilde, fırınların neden olduğu kirliliği ve zaman zaman işçileri öldüren veya sakat bırakan bazı kazaları detaylandırdı.

Ertesi yıl Franju, Fransa'nın başlıca askeri müzesini ironik bir dille eleştiren Hotel des Invalides'i çekti. İlk uzun metrajlı filmi La Tete contre les Murs'u (Bekçiler) 1958'de yönetti. 1959-60 yıllarında Les Yeux sans Visage (Yüzü Olmayan Gözler) adlı korku filmini, 1963'te Judex'i, 1964'te Therese Desqueyroux'yu ve başka filmleri izledi. 1973'te Les Nuits-Rouge'u (Gölge Adam) yönettikten sonra, Cinematheque Francaise'in başkanlığını yapmak üzere film yapımcılığından emekli oldu.