Yerel film endüstrisine aktör olarak girmek için 1933'te Meksika'ya döndü. 1941 yılında ilk filmini yönetti: La isla de la pasión. Emilio Fernández en büyük Meksikalı sinemacılardan biri ve "sinematografik milliyetçilik" olarak adlandırılan akımın başlıca temsilcisi olarak kabul edilir. Fotoğrafçı Gabriel Figueroa, yazar ve senarist Mauricio Magdaleno ve oyuncular Pedro Armendáriz, Dolores del Río ve María Félix ile birlikte Meksika sinemasının en önemli ve başarılı yaratıcı ekiplerinden birini oluşturdu.

Eleştirmenler tarafından en önemli filmleri arasında María Candelaria ve Flor silvestre (her ikisi de 1943) sayılmaktadır. Üçüncü filmi Flor Silvestre, en seçkin yapıtlarından biridir; konusu klasik Meksika aksiyon filmiyle açıkça töre dramına ait unsurları iç içe geçirir ve estetik yaklaşımında, (Indio'nun hayranı olduğu Sergei Eisenstein'ın en iyi eserlerinden ödünç aldığı) derin devletçilik göze çarpar; bu devletçilik, Meksikalıların merkezi ve hayati çekirdeğini aktarmaya hizmet eder.

Bu filmde başroldeki çift, iki genç aşık, Devrim'i yaşarlar ve hem sevme hem de adalet talep etme konusundaki çifte kararlılıkları nedeniyle trajedinin kurbanı olurlar: Flor Silvestre (Dolores del Río), tüm zamanların en iyi çekilmiş sahnelerinden birinde, erkeği (Pedro Armendáriz) vurulurken, yılmayan öfke dolu gözleriyle gözyaşlarını tutamayarak kurban edilmekle yüzleşecektir. Fernández, Figueroa'nın kamerasıyla, gerçek kahramanı haline gelen manzaraya dramatik bir değer veriyor. Yaşayan ve mücadele eden sadece insanlar değildir; titreşen ve protesto eden topraktır ve umudun gökyüzünü işaret eden suçlayıcı ağaçlardır.

Ancak Emilio Fernández'in en büyük eseri, insanların kendilerinden ve onları çevreleyen sosyal ortamdan kaynaklanan imkânsız bir aşkın hikâyesi olan María Candelaria'dır. Bir kez daha, eserinin ana teması insan sorunudur: şiirsel, erkeksi ve temel bir dille anlatılan sömürü ve üstü örtülü çağdaş kölelik. Bu filmde ciddi bir toplumsal sorun ortaya konmaktadır: güçlü bir kabile reisine, yabancılar tarafından sömürülmeye ve çevrenin acımasızlığına karşı geçim mücadelesi veren ezilen bir adam vardır ve bu adam yalnız bırakılmıştır. Hiçbir işbirliği yoktur. Bu nedenle insana ve ona bağlı olana yapılan atıf aynı zamanda büyük söz, halkının tarihsel mesajı, bu kolektif ve kişiliksizleştirilmiş çağa katkısı olmuştur.

Emilio Fernández ulusal ve yerlici yolu seçerek en doğru ama aynı zamanda en zor kararı verdi. Ülkenin film endüstrisinde hakim olan genel eğilime kararlılıkla karşı çıktı ve aynı zamanda filmlerinin olay örgüsünde sadece Meksika toplumunun değil, tüm Latin Amerika ülkelerinin temel ve en çetrefilli sorunlarından birini cesurca gündeme getirdi: Kızılderililerin gerçek durumu.

Fernández'in bunu çok basit bir şekilde, Rousseau'nun eski "iyi vahşi" mitini alıp "iyi Kızılderili" mitine dönüştürerek sunduğu doğrudur. Yönetmen, hikayeleri genellikle güzel ve samimi bir Kızılderili kadına aşık olan basit ve asil bir Kızılderili etrafında dönen, muhteşem manzaralardan oluşan harika bir doğal ortamda yaşayan karakterleri, müsrif bir doğanın görünür bir temsili ve neredeyse bir "toprak ana" benzetmesi olarak neredeyse tüm yapımlarını bu arketipe dayanarak yaptı. Bu aşklar her zaman, klasik kaderciliğin uygulayıcı eli olarak hareket eden, yerli ya da yabancı, açgözlü ve iğrenç bir medeni insan tarafından çelişkiye düşürülür.

Adı başka sinemalarda ve oyuncu olarak çalıştığı çok farklı yönetmenler tarafından saygıyla anıldı. Başarısızlıklarının ötesinde, figürü Latin Amerika sinemasının uyanışını anlamada, diğer daha merkantilist alanlardan dayatılandan farklı, kendine ait bir imaj sunma arzusunda temel olmuştur, ancak bu önem onun aşırı gerçekçilikle ve sosyal adaletin şiddetli bir savunucusu olmakla da suçlanmasını engellemez, karakterleri şiddet, dram ve konformizm seline batırılmış, çok resimsel ve senaryografik bir estetiğe dayanmaktadır.