Atom Egoyan, Ermeni mültecilerin torunları olan Housep (Joseph) ve Shushan çiftinin çocuğu olarak Atom Yeghoyan adıyla dünyaya geldi. Ailesi 1962'de Mısır'dan Victoria, British Columbia'ya taşındı; bu, Atom'un hayatı ve çalışmaları üzerinde kilit bir etki olarak sık sık bahsettiği derin bir kültürel yerinden edilme deneyimiydi. Kanada'da babası, doğru telaffuzu kolaylaştırmak için aile adını Egoyan olarak değiştirdi. Atom çocukken evde Ermenice konuşmayı reddetti. Vancouver'daki küçük Ermeni cemaatinden uzakta olduğu için ailesinin kendi mirasına erişimi çok azdı. Egoyan'ın çalışmalarında tekrar eden yabancılaşma, röntgencilik ve duygusal tatminin beyhude arayışı gibi temalar, genellikle kültürel yerinden edilme durumunu ifade etme çabası olarak yorumlanır.
Victoria'da devlet okuluna devam eden Egoyan, 18 yaşında Toronto Üniversitesi Trinity College'da Uluslararası İlişkiler okumak üzere Toronto'ya taşındı. Egoyan, araştırma yoluyla Ermeni tarihini ve dilini keşfederek köklerini yeniden keşfetti. Oyun yazarı olarak kampüs tiyatrosuna yoğun bir şekilde dahil oldu, okul gazetesi için film eleştirileri yazdı ve kendisinden önceki David Cronenberg gibi birkaç kısa film yaptı. Yapım şirketi Ego Film Arts aracılığıyla çektiği Open House (1982) adlı kısa filmi CBC'de yayınlandı.
Egoyan'ın ilk uzun metrajlı filmi Next of Kin (1984), alametifarikası olan tematik kaygılarının çoğunu ortaya koyar. Egoyan'ın gelecekteki eşi ve ilham perisi Arsinée Khanjian'ın birçok işbirliğinin ilkinde yer aldığı film, başkahramanının (Patrick Tierney) video kasetler aracılığıyla kendisini ve Ermeni göçmen bir aileyi keşfetmesini izliyor. Next of Kin, Egoyan'ın izlenmesi gereken bir yetenek olduğunu hemen kanıtladı ve ona yönetmenlik dalında ilk Genie Ödülü adaylığını getirdi.