Van Warmerdam, Hollanda'nın Kuzey Hollanda eyaletinde yer alan Haarlem şehrinde doğdu. Hauser Orkater adlı tiyatro grubunun (daha sonra Orkater adlı müzik tiyatrosu grubuna dönüştü) kurucularından biriydi. 1980 yılında kardeşi Marc van Warmerdam ile birlikte De Mexicaanse Hond (Meksikalı Köpek) adlı tiyatro grubunu kurdu. Bu isim altında 1989'dan bu yana tüm gösterileri yayınlandı.
İlk uzun metrajlı filmini 1986 yılında çekti: Abel. Grimm (2003) hariç, şimdiye kadarki filmlerinin her birinde bir rol oynamaktadır.
Alex van Warmerdam, filmlerinin çoğunda rol alan ve aynı zamanda oyuncu yönetmeni olarak görev yapan Hollandalı aktris Annet Malherbe ile evlidir. Oğulları Mees bir müzisyendir ve De Mexicaanse Hond adlı tiyatro grubunun çeşitli gösterilerinde sahne almıştır.
Sanatçı 1990 yılında Nederlands-Vlaamse Toneelschrijfprijs ve 2011 yılında Taalunie Toneelschrijfprijs ödüllerini kazanmıştır.
2013 yapımı Borgman filmi 2013 Cannes Film Festivali'nde Altın Palmiye'ye aday gösterildi.